1.当二级域名是别人主域名下的二级域名时，那么，当主域名受惩罚时，你的网站也会受到牵连。

2.网站流量排名的时候，二级域名的流量会归功于所依托的主域名。这是因为ALEXA排名默认是顶级域名。

3.二级域名的网站不稳定，这主要和空间商有着联系。

4.权重不如顶级域名。

在这里，我们可以分析以上的坏处，第一点，在我交换的过程中，我发现现在的大部分站长都已经选择在自己的主域名下建立二级域名，这也是为了把流量等归功到自己的顶级域名中去，第一点的现象至少我很少看到。而第二点，我觉得对友情链接的交换几乎没有影响。毕竟就算是顶级域名的流量排名也只是作为交换友情链接的一种非重要性参考因素而已。至于第三点，这主要看对方网站是否稳定，如果一个网站的收录一直良好，访问也很稳定，那这个因素我们也不能太在意。

现在，我们再来看看交换友情链接的目的，很多文章都已经详细的讲解过，在这里，我简单的引用下：1、提升PR。2、提高关键字排名。 3、提高网站权重。4、提高知名度。5、提高流量。友情链接对于流量的提升帮助非常小，可以忽略。